Dasar-dasar pengembangan Pesantren Zainul Hasan Genggong di arahkan pada pendidikan sesuai dengan kebutuhan zaman, akan tetapi pendidikan pesantren pada setiap satuan pendidikannya tetap memperkuat jati dirinya sebagai bagian dari Pesantren Salafiyah dengan berpedoman pada kaidah

“ALMUHAAFADHATU’ALA QODIIMIS SHOLEH WAL AKHDU BIL JADIDIL ASHLAH”

Yang artinya ”Mempertahankan metodologi yang lama dan mempergunakan metodologi yang baru yang lebih baik”.

Dasar tersebut di atas itulah yang dijadikan pedoman bagi pengembangan pendidikan Pesantren Zainul Hasan Genggong yang ditandai dengan dibukanya beberapa sekolah dan madrasah dengan mengunakan metodologi yang baru dalam konsep pembelajarannya yang dapat memperkuat jati diri lulusan pendidikan pesantren tetap berpegang teguh pada pada moralitas, budi pekerti yang luhur dan konsep penanaman ibadah sebagai bagian dari penuntasan belajar dan bagian dari jati dirinya.