Berdirinya Pesantren Zainul Hasan sejak awal pendiriannya dikenal dengan sebutan Pondok Pesantren Genggong yang didirikan oleh KH. Zainul Abidin pada tahun 1839 M / 1250 H. Yang terletak di desa Karangbong Kecamatan Pajarakan Kabupaten Probolinggo. Adapun motifasi pendiri Pesantren tersebut merupakan cita-cita mulia dan luhur yang didasarkan pada tanggung jawab secara keilmuan setelah melihat realitas masyarakat yang masih buta huruf dan masyarakatnya dikenal dengan awam yang sama sekali tidak mengenal ilmu pengetahuan agama secara perilaku kehidupan masyarakat cenderung berperilaku yang bertentangan dengan nilai-nilai agama seperti melakukan perbuatan dosa besar kepada Allah SWT, baik perbuatan syirik, zina, perilaku kekerasan sesamanya dengan cara merampas hak milik orang lain dan penganiayaan terhadap sesamanya serta perbuatan judi yang dilakukan oleh masyarakat setiap hari.
Berangkat dari dasar pemikiran yang didasarkan pada realitas perilaku masyarakat tersebut, maka KH. Zainul Abidin, beliau keturunan maghrobi dan alumnus pesantren Sidoresmo Surabaya merasa terpanggil jiwanya untuk mengamalkan ilmu yang didapatnya kemudian dijadikan dasar berjuang dengan menebarkan ilmu pengetahuan agama baik berupa pengajian maupun di sampaikan melalui kelembagaan berupa institusi Pondok Pesantren Genggong dan kata “Genggong” berasal dari sekuntum bunga yang tumbuh di sekitar pesantren dan bunga tersebut dipergunakan oleh masyarakat untuk rias manten dan khitan. Perubahan nama pesantren digagas oleh kepemimpinan KH. Hasan Saifourridzall dengan maksud dan tujuan ingin mengabadikan kedua nama pendiri pesantren sebelumnya dengan kronologis sebagai berikut:
- Nama Pondok Genggong diabadikan sejak kepemimpinan KH. Zainul Abidin sampai dengan kepemimpinan KH. Moh. Hasan dari tahun 1839 sampai dengan 1952M (113 tahun).
- Pada masa kepemimpinan KH. Hasan Saifourridzall pada tahun 1952 Pondok Pesantren Genggong diganti dengan nama Asrama Pelajar Islam Genggong ”APIG” yang didasarkan pada semakin tinggi minat masyarakat belajar di Pondok Pesantren, hal itu dapat dilihat dari jumlah santri, grafiknya meningkat dan nama tersebut diabadikan terhitung sejak 1952 M. Sampai dengan 1959M. (7 tahun).
- Pada masa kepemimpinan KH. Hasan Saifourridzall pula timbul gagasan untuk mengabadikan kedua pendiri pesantren yaitu KH. Zainul Abidin dan KH. Mohammad Hasan tepatnya pada tanggal 1 Muharrom 1379 H./ 19 juli 1959 M, menetapkan nama Pesantren semula bernama Asrama Pelajar Islam Genggong menjadi Pesantren Zainul Hasan Genggong, nama Pesantren tersebut mengabadikan dari kedua pendiri pesantren tersebut.